L’origine de l'utilisation du palo santo est très ancienne; il était utilisé par les chamans incas lors des rituels religieux, comme outil pour attirer la chance et éloigner tout signe de négativité, et comme moyen d’obtenir une meilleure communication spirituelle avec leurs dieux. Cet arbre est aussi présent dans les rituels de mariages indigènes. Le couple doit planter une pousse de cet arbre en l’absence de témoins afin de lier leurs destins et que leur union dure éternellement.

Considéré comme un arbre aux propriétés médicinales, il contient du limonène, présent à un haut pourcentage dans son tronc. Son essence était utilisée pour soigner des problèmes cutanés et musculaires ; la suie de ce bois était utilisée pour traiter les blessures externes, et les décoctions d’écorce étaient employées pour le traitement des problèmes d’estomac.

Lors de la combustion, il dégage une fumée odorante qui possède de nombreuses vertus purificatrices contre les mauvais esprits, les énergies et les forces négatives. Le palo santo est utilisé par les guérisseurs et les chamans pendant certains rituels. L’arôme du palo santo est doux et boisé. Le parfum de palo santo évoque un mélange d'encens, de cèdre de l'Atlas, d’herbe sucrée, de citron, d’eucalyptus, avec une subtile pointe de menthe.